a) Nguyên tắc bản chất hoạt động, giao dịch quyết định nghĩa vụ thuế trong quản lý thuế để xác định bản chất của các giao dịch, hoạt động sản xuất, kinh doanh của người nộp thuế làm cơ sở xác định nghĩa vụ thuế, khoản thu khác, đảm bảo các giao dịch của người nộp thuế thể hiện đúng bản chất thương mại, kinh tế, tài chính, không phụ thuộc hình thức của giao dịch được thể hiện trong hợp đồng, văn bản giữa người nộp thuế với bên liên quan;

b) Nguyên tắc giao dịch độc lập;

c) Nguyên tắc quản lý rủi ro dựa trên mức độ rủi ro để sử dụng hiệu quả nguồn lực và nâng cao hiệu quả quản lý;

d) Nguyên tắc quản lý tuân thủ theo mức độ tuân thủ của người nộp thuế để có biện pháp khuyến khích tự giác, tự nguyện thực hiện nghĩa vụ nộp thuế;

đ) Nguyên tắc quản lý thuế theo thông lệ quốc tế phù hợp với điều kiện của Việt Nam.