3. Cục trưởng Cục trinh sát biên phòng, Cục trưởng Cục phòng, chống ma túy và tội phạm, Đoàn trưởng Đoàn đặc nhiệm phòng, chống ma túy và tội phạm, Chỉ huy trưởng Bộ đội biên phòng tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, Chỉ huy trưởng Biên phòng Cửa khẩu cảng, Đồn trưởng Đồn biên phòng trực tiếp tổ chức và chỉ đạo các hoạt động điều tra theo thẩm quyền, quyết định phân công hoặc thay đổi cấp phó trong việc điều tra vụ án hình sự, kiểm tra các hoạt động điều tra, quyết định thay đổi hoặc huỷ bỏ các quyết định không có căn cứ và trái pháp luật của cấp phó, giải quyết khiếu nại, tố cáo theo quy định của Bộ luật tố tụng hình sự.

Khi Cục trưởng Cục trinh sát biên phòng, Cục trưởng Cục phòng, chống ma túy và tội phạm, Đoàn trưởng Đoàn đặc nhiệm phòng, chống ma túy và tội phạm, Chỉ huy trưởng Bộ đội biên phòng tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, Chỉ huy trưởng Biên phòng Cửa khẩu cảng, Đồn trưởng Đồn biên phòng vắng mặt thì một cấp phó được uỷ nhiệm thực hiện các quyền hạn của cấp trưởng quy định tại khoản 2 Điều này và phải chịu trách nhiệm trước cấp trưởng và trước pháp luật về nhiệm vụ được giao.