3. Tư lệnh Cảnh sát biển, Tư lệnh vùng Cảnh sát biển, Cục trưởng Cục nghiệp vụ và pháp luật, Đoàn trưởng Đoàn đặc nhiệm phòng, chống tội phạm ma túy, Hải đoàn trưởng, Hải đội trưởng và Đội trưởng Đội nghiệp vụ Cảnh sát biển trực tiếp tổ chức, chỉ đạo các hoạt động điều tra theo thẩm quyền, quyết định phân công hoặc thay đổi cấp phó trong việc điều tra vụ án hình sự, kiểm tra các hoạt động điều tra, quyết định thay đổi hoặc huỷ bỏ các quyết định không có căn cứ và trái pháp luật của cấp phó, giải quyết khiếu nại, tố cáo theo quy định của Bộ luật tố tụng hình sự.

Khi Tư lệnh Cảnh sát biển, Tư lệnh vùng Cảnh sát biển, Cục trưởng Cục nghiệp vụ và pháp luật, Đoàn trưởng Đoàn đặc nhiệm phòng, chống tội phạm ma túy, Hải đoàn trưởng, Hải đội trưởng và Đội trưởng Đội nghiệp vụ Cảnh sát biển vắng mặt thì một cấp phó được uỷ nhiệm thực hiện các quyền hạn của cấp trưởng quy định tại khoản này và phải chịu trách nhiệm trước cấp trưởng và trước pháp luật về nhiệm vụ được giao.